La couleur de la face supérieure peut varier entre le brunâtre et le noirâtre, de façon semblable au Rat noir (Rattus rattus). L'espèce, en revanche, possède de nombreux poils aux pointes blanches sur les côtés du corps, sur la poitrine et sur l'abdomen. La tête est caractérisée par un anneau noir autour de chaque œil, par des iris brun foncé, par des dents de devant jaune-brun et par des oreilles arrondies gris foncé. Sur la queue il y a des écailles mais aussi quelques poils[3].
Le pouce des pattes avant n'est qu'un moignon qui porte un ongle. Entre les orteils, il y a une peau de nage partielle. Certaines populations précédemment répertoriées comme sous-espèces de Nectomys squamipes et maintenant incluses dans Nectomys rattus avaient une longueur du corps (tête et torse) de 175 à 213 mm, une longueur de la queue de 165 à 225 mm, de pattes postérieures de 43 à 51 mm, des oreilles d'environ 24 mm.
↑ a et b(en) Mammals of South America, vol. 2. Rodents, University of Chicago Press, , 1392 p. (ISBN9780226169606, lire en ligne), p. 374-375
↑(en) Ana Cláudia Ribeiro, Arnaldo Maldonado Jr., Paulo Sergio D'Andrea, Giovane Oliveira Vieira, Luís Rey, « Susceptibility of Nectomys rattus (Pelzen, 1883) to Experimental Infection with Schistosoma mansoni (Sambon, 1907): a Potential Reservoir in Brazil », Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, vol. 93, no 1, , p. 295-299 (lire en ligne)
↑(en) Filipe Dantas-Torres, Daniel B. Siqueira, Luciana C. Rameh-De-Albuquerque, Denisson Da Silva E Souza, Alexandre P. Zanotti, Débora R. A. Ferreira, Thiago F. Martins, Michelle B. De Senna, Paulo G. C. Wagner, Marcio A. Da Silva, Maria F. V. Marvulo, Marcelo B. Labruna, « Ticks Infesting Wildlife Species in Northeastern Brazil With New Host and Locality Records », Journal of Medical Entomology, vol. 47, no 6, , p. 1243–1246 (lire en ligne)