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Au cours du dernier Mortal Kombat le sorcier Shang Tsung a bien failli gagner, mais un tremblement de terre a changé la donne et il s'est enfui. Liu Kang et Kung Lao sont prisonniers de l'île qui va être engloutie.
Système de jeu
Ce Mortal Kombat est un jeu de plate-forme. Mortal Kombat Shaolins Monk est le seul jeu de la série Mortal Kombat où tout le déroulement du jeu est une suite d'aventure. Il faut évoluer dans les différents mondes pour terrasser Shang Tsung une fois pour toutes. Il est possible de faire la quête à deux joueurs.
Vous n'avez le choix qu'entre deux personnages au début (Kung Lao ou Liu Kang). Tout au long du jeu, Raiden est votre guide. Vous pouvez débloquez Baraka, Kitana, Johnny Cage, Reptile, Scorpion et Sub-Zero en progressant dans le jeu (Dans le mode duel).
Vous pouvez aussi jouer en Co-Op (Cooperation), dans lequel vous prendrez part à l'aventure à 2 joueurs.