Elle fit édifier l'ensemble en mémoire de son époux Philibert le Beau et pour respecter le vœu fait par sa belle-mère Marguerite de Bourbon[2], pour y abriter son tombeau, celui de sa mère et le sien propre[3].
Vers 927[4], Saint Gérard, alors évêque de Mâcon (886-926), se retire sur le site et y fonde avec quelques compagnons un ermitage dans lequel il meurt et est enterré en 958[4]. Les disciples qui étaient venus se grouper autour de lui, suivirent ses traditions, sous la direction d'un prieur.
Dépeuplé dans les premières années du XIVe siècle, à la suite d'on ne sait quel accident, il fut remis, en 1319[4], par Jean de Clermont, au comte Amédée V de Savoie, à la condition d'y entretenir un religieux pour le desservir.
En 1506[4], Marguerite d'Autriche, veuve prématurément de Philibert II le Beau, duc de Savoie, tant pour accomplir un vœu de Marguerite de Bourbon, sa belle-mère, que pour laisser à la postérité un témoignage de son immense douleur, acheta le prieuré de Brou et obtint du pape l'autorisation de fonder, sur son emplacement, une église dédiée à saint Nicolas de Tolentin, et un monastère propre à recevoir douze religieux augustins. Le de la même année[4], elle pose la première pierre de l'église, qui fut consacrée le [4] par Jean Joly de Fleury, évêque d'Ebron(de) in partibus.
Les prieurs
Le plus ancien prieur connu est : saint Gérard, le fondateur (927-958). On relève ensuite : J. Gilli (1084) ; Clément, religieux d'Ambronay (1168) ; F. Jean de Saint-Alban (1289) ; Étienne de Rignieu (1298) ; Jean de Clermont, religieux d'Ambronay (1319 et 1324) ; F. Guillaume Cadot (1359) ; F. Pierre de Mugnet (1367) ; le cardinal de la Tour avec pour administrateur F. Mattin de Chambut, religieux de Cluny, prieur de Ratenelle et doyen de Noblens (Villereversure) (1371) ; F. Jean de Loges (1384) ; Pierre cardinal de Thurey (1394) ; F. Philibert de Chilley, religieux de Saint-Oyen (1415-1435) ; F. Anthoine Fornier (1447) ; Bertrand de Loras, prieur de Saint-Sorlin (1455-1491) ; Bernardin Oudin (1492) et pour dernier prieur Jean de Loriol, chanoine des Églises de Genève et de Vienne, protonotaire apostolique, abbé de Saint-Pons, prieur commendataire de Brou et évêque de Nice (1505). C'est ce dernier qui fut l'auteur de l'union survenu en 1505 avec l'église Notre-Dame de Brou, par bulle du pape Jules II.
Construction
La construction débute en 1506[5]. Retournée en Belgique pour assurer la régence dans l'attente de la majorité de son neveu Charles Quint, Marguerite d'Autriche choisit elle-même les chefs de chantiers, ainsi que les peintres et les sculpteurs — notamment l'architecte Louis van Bodeghem, le sculpteur Conrad Meit, le peintre Jehan Perréal — et nombre d'artistes d'Europe du Nord, et elle se fait envoyer à Malines des échantillons et des maquettes. Son écuyer tranchant, Jean Bonnot[6], seigneur de Cormaillon supervise les travaux[7] et les dépenses[8]. Sa volonté explique qu'au début du XVIe siècle, aux portes de l'Italie renaissante, se dresse un monument gothique de cette importance.
Une abbaye de chanoines de saint Augustin
Les trois cloîtres
Le monastère, confié aux Augustins, possède trois cloîtres à étages, dont l'aspect n'a pas évolué. Marguerite d'Autriche avait prévu d'y achever son veuvage, mais meurt trop tôt. La construction s'achève en 1532, deux ans après sa mort, et elle y est enterrée auprès de son époux et de sa belle-mère.
Les Augustins de la congrégation de Lombardie restèrent les gardiens des tombes de Marguerite de Bourbon, de Philibert-le-Beau et de Marguerite d'Autriche, jusqu'au , et furent remplacés par les Augustins de la congrégation de France. La Révolution chassa ces derniers.
Durant celle-ci, à l'automne et l'hiver 1793-1794, le cloître abrite le 1er régiment de hussards et est ainsi sauvé des démolitions. Le , la municipalité de Bourg fait enfermer les prêtres abdicateurs[Quoi ?] à Brou.
Thomas Riboud (1755-1835), avocat lyonnais, député de l'Ain[9] et membre du conseil des Cinq-Cents sauve l'ensemble de Brou de la destruction en le faisant déclarer « Monument national » par la Convention[10],[11]. L'ancien monastère royal est acheté par le diocèse de Belley en 1823 qui en fait le grand séminaire diocésain. Saint Pierre Chanel y poursuit ses études. Il est confisqué en 1905 et le séminaire est fermé.
Les deux premiers cloîtres font l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis 1889[12]. Le troisième cloître fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis le [12].
Dans le troisième cloître il y avait une grille en fer forgé provenant du château de la Moussière à Biziat. Inscrite au titre des monuments historiques depuis le [12], elle est aujourd'hui le portail d'entrée du parc de la Visitation, parc de l'est de Bourg[13].
Premier cloître, dit des Hôtes.
Deuxième cloître, dit de la Déambulation.
Troisième cloître, dit de la ménagerie.
Grille du château de la Moussière.
De rares épaves d'un pavement de 1530
Deux carreaux en terre rouge de Bresse recouvert d'une faïence stannifère provenant du monastère, qui serait l'« un des premiers travaux en faïence de cette ampleur en France » — déposé au XIXe siècle — qui ont été exposés à Paris en 1832 et en 1932, figurent à une vente aux enchères publiques à Lyon le (reprod. coul. dans le no 10 de "La Gazette Drouot" du 10/03/2023, p. 172). En 2014, à l'occasion des Journées du patrimoine, le monastère royal de Brou a été élu Monument préféré des Français.
Samuel Guichenon, Histoire de Bresse et de Bugey : Partie 2 : Contenant les fondations des Abbayes, Prieurez, Chartreuses, Egliſes Collegiales & les Origines des Villes, Chaſteaux, Seigneurs & principaux Fiefs, Lyon, Jean Antoine Huguetan & Marc Antoine Ravaud, , 109 p. (BNF30554993, lire en ligne)
[Marie-Claude Guigue 1873] Marie-Claude Guigue, Topographie historique du département de l'Ain, ou Notices sur les communes, les hameaux, les paroisses, les abbayes, les prieurés, les monastères,... : accompagnée d'un précis de l'histoire du département depuis les temps les plus reculés jusqu'à la Révolution, Bourg-en-Bresse et Lyon, A. Brun, (lire en ligne).
Marie-Françoise Poiret, Le monastère de Brou : le chef-d'œuvre d'une fille d'empereur, Paris : CNRS Éditions, collection Patrimoine au présent, 1994, p. 126
Marie-Françoise Poiret, Le monastère royal De Brou, , Monum, coll. « Itinéraires du Patrimoine », p. 64 (ISBN2858222959)
Brou : chef-d'œuvre d'une fille d'empereur (album édité en complément de l'exposition temporaire au monastère royal de Brou, du 1er juillet au ), Paris : Éditions du patrimoine ; Versailles : Artlys, 2006, p. 63
Virginie Larousse, Le monastère royal de Brou, chef-d'œuvre d'une princesse amoureuse, in: Religions & Histoire, no 13, mars-, p. 10-13 (ISSN1772-7200)