Mohammed Moussaoui a, par ailleurs, acquis une formation en théologie et sciences islamiques auprès des oulémas de la région Est du Maroc. Il assure, depuis 1988, les prêches du vendredi dans plusieurs mosquées de France. Il a participé à de nombreuses conférences nationales et internationales sur la pensée islamique et le dialogue inter-religieux. Il est membre fondateur de la Conférence des responsables de culte en France (CRCF) créée le et regroupant six instances responsables du bouddhisme, des églises chrétiennes (catholique, orthodoxe, protestante), de l’islam et du judaïsme.
Il est membre du Conseil français du culte musulman (CFCM) depuis sa création en 2003. Lors des élections au CFCM de , la liste du Rassemblement des musulmans de France qui représente les musulmans d'origine marocaine vivant en France obtient 43,24 % des voix et Mohammed Moussaoui est élu président du CFCM. Les élections sont marquées par le boycott de la Grande mosquée de Paris[4]. Il est ensuite réélu président du CFCM en jusqu'en . Il en est ensuite président d'honneur.
Il est de nouveau élu président du CFCM, le [5]. Il était le seul candidat après le désistement de son seul concurrent Chems-Eddine Hafiz, recteur de la Grande mosquée de Paris, nouvellement élu à ce poste qui avait préféré, pour encourager le « consensus » et la « concertation », soutenir Mohammed Moussaoui et se consacrer à ses nouvelles fonctions[6].
