En 1978 commence sa carrière universitaire qui débuta à l’Institut catholique de Paris et qu’il mena conjointement avec une charge de vicaire à l'église Saint-Eustache de Paris jusqu’en 1988. Il soutint sa thèse de doctorat en théologie à l’Institut catholique de Paris en 1984 : Le baptême et l’Esprit saint dans les Actes des Apôtres, sous la direction du professeur Charles Perrot. Publiée en 1985 sous le titre Baptisés dans l’Esprit : baptême et Esprit saint dans les Actes des Apôtres (éditions du Cerf, 1985), elle fut couronnée par le prix Jean et Maurice de Pange.
Remarqué pour ses qualités académiques et pédagogiques, Michel Quesnel se consacra principalement à la vie universitaire à partir de 1988, date où il devint vice-recteur de l’Institut catholique de Paris (1988-1994), sous le rectorat de Paul Guiberteau puis de Patrick Valdrini. Il était directeur du Département de la recherche de l’Institut catholique de Paris, charge dans laquelle il avait succédé à Joseph Doré devenu archevêque de Strasbourg en 1999, quand il fut élu recteur de l’université catholique de Lyon en 2003.
Ces engagements ne l’empêchèrent pas de consacrer du temps à la Société de l'oratoire de Jésus). Il a fait partie du Conseil général de la Congrégation sous le généralat de Daniel Milon (1979-1984), de Jean Dujardin (1989-1999), et de Gérard Bénéteau[2] (1999-2004).
Recteur de l’Université catholique de Lyon pendant deux mandats successifs (2003-2008 et 2008-2011), il marqua cet établissement dont les effectifs furent multipliés par 1,5 en dix ans. Il inaugura un nouveau site universitaire en 2005 sur la place Carnot et conduisit l’université catholique à être candidate pour racheter l’ancienne prison Saint-Paul à Lyon, mise en vente par les pouvoirs publics. Ce projet fut sélectionné en , ce qui ouvrit pour elle de nouvelles possibilités de développement. C’est aussi sous son rectorat que l’université catholique se vit attribuer une chaire UNESCO en 2007.
En 2007, ses collègues recteurs des instituts et universités catholiques l’élurent président de l'Union des établissements d'enseignement supérieur catholique ([UDESCA), charge qu’il laissa après un mandat de trois ans en 2010. Ces trois années furent marquées par des négociations ardues avec le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, aux côtés de Pierre Tapie, alors président de la Fédération des établissements d'enseignement supérieur d'intérêt collectif (FESIC), et d’autres présidents de fédération, notamment en vue de la reconnaissance des diplômes et de la contractualisation des établissements supérieurs privés associatifs avec l’État.
Depuis , Michel Quesnel est retraité des universités catholiques. Il poursuit son travail intellectuel tout en exerçant la charge de chapelain au sanctuaire Saint-Bonaventure de Lyon. Il a notamment publié, début 2018, un ouvrage de référence sur la Première épître aux Corinthiens[3].
Michel Quesnel collabore à des activités scientifiques au niveau international.
Il est membre de l'Académie européenne des sciences et des arts (Vienne, Autriche), de la Biblical Archeology Society (Washington, USA), de la Studiorum Novi Testamenti Societas (Cambridge, Royaume-Uni), et de l'Association catholique française pour l'étude de la Bible (ACFEB) dont il a été vice-président jusqu'au .
Vie ecclésiale
1961 : Entré au noviciat de l’Oratoire de France en septembre.
1968-1969 : Études au Séminaire international de Strasbourg.
1969 : Ordonné prêtre par Mgr Pézeril à Saint-Martin de Pontoise, le 1er juillet.
1971- 1977 : Nommé vicaire et membre de la communauté de Sainte-Thérèse de Boulogne-Billancourt.
Les chrétiens et la loi juive : une lecture de l'épître aux Romains, Paris, éd. Cerf, 1998, réédité (édition revue et corrigée) en 2009[6]
L'éternité qui m'est offerte, éd. Desclée de Brouwer, 1998 (traduit en espagnol)
Lorsque les livres sont des amis, Paris, Syndicat national de l'édition, groupe des éditeurs de religion, 2000 (choix de textes réalisé pour une Quinzaine du livre religieux)
La bible de Jérusalem : texte intégral et photographies, éd. La Martinière, 2003
Jésus-Christ : l'Homme et le fils de Dieu, éd. Flammarion, 2004
↑Thèse couronnée par le prix Jean et Maurice de Pange ; Édition : Baptisés dans l'Esprit : baptême et Esprit saint dans les Actes des Apôtres, Éd. du Cerf, Paris, 1985.
