Médiéviste, Michel Mollat du Jourdin a consacré quatorze années de son enseignement à l'étude de la pauvreté : travaux de séminaires, mémoires, thèses, missions en France, en Amérique et au Proche-Orient lui ont fourni l'occasion d'étudier les problèmes économiques et sociaux, moraux et religieux que posent la pauvreté.
Il fut reçu membre de l'Académie des inscriptions et belles-lettres, en 1978, et siégea au sein de cette institution jusqu'à sa mort. Il a été président d’honneur de la Commission internationale d’histoire maritime.
Histoire universelle des explorations, vol. 1, Nouvelle librairie de France, 1957, avec Louis-René Nougier et Jean Beaujeu
(Dir.), Le Rôle du sel dans l'histoire, Paris, PUF, 1968
Michel Mollat du Jourdin et Philippe Wolff, Ongles bleus, Jacques et Ciompi, les révolutions populaires en Europe aux XIVe et XVe siècles, Paris, Calmann-Lévy, coll. « Les Grandes vagues révolutionnaires », , 333 p. (présentation en ligne). Réédition : Michel Mollat du Jourdin et Philippe Wolff, Les Révolutions populaires en Europe aux XIVe et XVe siècles, Paris, Flammarion, coll. « Champs » (no 279), , 332 p. (ISBN2-08-081279-3).
(dir.), Études sur l'histoire de la pauvreté (Moyen Âge-XVIe siècle), Paris, Publications de la Sorbonne, 1974.
Études d'histoire maritime, Turin, 1977.
(dir.), Histoire de Rouen, Toulouse, Privat, 1979.
Avec Jacques Habert : Giovanni et Girolamo Verrazano, navigateurs de François Ier, Paris, Imprimerie nationale, 1982, 242 p.
Michel Mollat du Jourdin, Jacques Cœur ou l'esprit d'entreprise au XVe siècle, Paris, Aubier, coll. « Collection historique », , 494 p. (ISBN2-7007-2213-2, présentation en ligne).
Les Explorateurs du XIIIe au XVIe siècle, Jean-Claude Lattès, 10 octobre 1984
L'Europe et la Mer, Paris, Le Seuil, coll. « Faire l'Europe », 1993, 352 p.
