Martin Prusek commence sa carrière avec le HC Vítkovice du championnat élite de son pays, l'Extraliga en 1994. Deux ans plus tard, il parvient sur la seconde place du classement et à titre personnel il est sélectionné dans l'équipe type de la saison[1].
Lors de la saison suivante, il est le gardien numéro de l'équipe de la LNH mais toujours barré par Lalime, il ne joue que 18 matchs dans la LNH et 4 matchs avec les Senators de Binghamton, nouvelle affiliation de l'équipe[6].
Lors du lock-out2004-2005 de la LNH, il retourne jouer dans son pays pour Vítkovice puis est prêté en cours de saison, il joue pour HC Znojemští Orli. Laissé libre par les Sénateurs, il retourne ensuite dans la LNH avec les Blue Jackets de Columbus[7] mais au bout de 9 matchs dans la LNH, la direction du club l'envoie jouer dans la LAH pour le Crunch de Syracuse[8].
De retour en Europe
Pour la saison 2006-2007, il décide de quitter l'Amérique du Nord et rejoint l'effectif du SKA Saint-Pétersbourg du championnat Russe[9]. Finalement, il ne parvient à l'habitude russe de changer les gardiens assez régulièrement et son équipe terminant à la quatorzième place de la saison[10], il retourne pour la saison suivante avec son premier club professionnel, Vítkovice[11].
