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Après le décès de son père, le , Marguerite lui succède dans le comté du Tyrol, alors que le duché de Carinthie est passé, en accord avec l'empereur Louis IV, au duc Albert II d'Autriche et à son frère Othon, fils survivants du roi Albert Ier de Habsbourg et d'Elisabeth de Goritz-Tyrol, tante de Marguerite.
Louis de Bavière prend sur lui de déclarer nul et non avenu le mariage de Marguerite et de Jean-Henri. Guillaume d'Ockham et Marsile de Padoue justifient ce premier « mariage civil » du Moyen Âge. Le nouveau pape d'Avignon, Clément VI, toutefois, excommunie Marguerite et son nouveau mari en 1342. Le scandale se propage à travers l'Europe. En 1359, en grande partie grâce à l'influence des nouvelles alliances acquises par le mariage du fils de Louis, Meinhard III de Wittelsbach à Marguerite d'Autriche, fille d'Albert II de Habsbourg, en 1358, Marguerite et son deuxième mari sont absous de l'excommunication par un nouveau pape, Innocent VI. Les annales et les historiens allemands et italiens (Florence, Milan, Padoue, Monza) font référence à ces événements. La propagande religieuse de l'époque la surnomme « Maultasch » (littéralement la « gueule-sac »), c'est-à-dire « prostituée » ou « laide femme ».
Après la mort de son mari, en 1361, son fils, Meinhard III de Bavière, devient comte du Tyrol. Mais Meinhard meurt moins de deux ans plus tard, en 1363, sans héritier, à l'âge de dix-neuf ans. Ce décès déclenche une invasion par le plus jeune frère de Louis, Étienne II de Wittelsbach, duc de Bavière (Basse-Bavière-Landshut et Haute-Bavière). Étienne, allié à Barnabé Visconti, occupait le Tyrol depuis la paix de Schärding. Marguerite a ensuite été amenée à signer un traité avec Rodolphe IV d'Autriche sur le comté. Elle est la dernière souveraine de la dynastie comme comtesse du Tyrol, qui passe ensuite à l'Autriche, non pas par une conquête mais par un libre acte de la comtesse[1].
« Lorsqu’en 1334, la duchesse du Tyrol, Margareta Maultasch, encercla le château d’Hochosterwitz, dans la province de Carinthie, elle savait trop bien que la forteresse, juchée au sommet d’un rocher incroyablement escarpé, dominant la vallée d’une grande hauteur, résisterait à toute attaque de front et ne serait prise que par un long siège. À la longue, la situation des assiégés se fit effectivement intenable : ils étaient réduits à leur dernier bœuf et à deux sacs d’orge. Mais la situation de Margareta devenait également critique, pour d’autres raisons : ses troupes commençaient à s’agiter, le siège semblait devoir durer une éternité, et d’autres expéditions armées se faisaient tout aussi urgentes. C’est alors que le commandant de la forteresse se résolut à une action désespérée qui dut passer pour de la pure folie auprès de ses hommes : il fit abattre le dernier bœuf, remplir sa cavité abdominale des deux derniers sacs d’orge, et ordonna que la carcasse fût ainsi jetée du haut du rocher dans un champ devant le camp de l’ennemi. Lorsqu’elle reçut ce message méprisant, la duchesse, découragée, leva le siège et partit. »
Anthony Stokvis (préf. H. F. Wijnman), Manuel d'histoire, de généalogie et de chronologie de tous les États du globe, depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours, vol. II, Leyde, éditions Brill, (réimpr. 1966), chapitre VI C 1. , et tableau généalogique n° 11 « Généalogie des comtes de Goritz et de Tyrol ».
