En 1998, Marc Dumoulin est sujet d'une plainte pour viol de la part de sa nièce. Les faits datent d', lorsque la victime, alors âgée de 12 ans et demi, était en vacances chez son oncle et parrain. Elle l'accuse d'avoir commis sur elle des actes de pénétration sexuelle digitales. Marc Dumoulin nie avoir commis de tels actes, et reconnait des « caresses » sur sa nièce et des attouchements sur son propre fils[3].
Le , il est condamné à cinq ans de prison dont trois ans ferme, mais il fait appel. Le , le bureau de l'Assemblée nationale lève l'immunité parlementaire de Marc Dumoulin, permettant son incarcération[4]. Le , Marc Dumoulin est condamné en appel par la cour d'appel de Metz, à huit ans d'emprisonnement ferme et cinq ans de privation de droits civiques. Cet arrêt est confirmé par la Cour de cassation en [3].