En 1483 il résigne son siège épiscopal en faveur de son neveu Jacques Raguier, fils d'Antoine Raguier, (issu du second mariage de leur père avec Guillemette de Vitry), et Jacquette Budé. il fait son testament le et lorsqu'il meurt le , il est inhumé dans la cathédrale de Troyes, proche du grand autel dans un tombeau de cuivre avec cette épitaphe :
" Ci-gît Révérend Père en Dieu, noble sieur Messire Lots Raguier, évêque de cette église, lequel du temps du très chrétien et victorieux Prince Charles roi de France VII de ce nom fut son conseiller en la cour de Parlement et depuis fut président de la chambre de la justice des Aides de Paris, lequel trépassa le 19 août 1488.Dieu en ait l'âme "[2].
Il fit de grandes libéralités pour son église en vases, décoration et reliques. C'est également sous son épiscopat que fut imprimé pour la première fois par Pierre Le Rouge le bréviaire à l'usage du diocèse de Troyes, conservé à la Bibliothèque nationale de France. Il fait l'acquisition de nombreux ouvrages qu'il fait enluminer par Jean Thierry.
Poussey en octobre 1476, il fait l'acquisition avec son neveu Dreu Raguier d'une partie de la seigneurie à Edmond Maret licencié és-lois et epoux de Claude de Mesgrigny.