Son œuvre la plus importante est la Première Symphonie en mi bémol majeur Op. 20 pour orgue[4], écrite en 1905 et dédiée à Widor. Elle dure environ 22 minutes, est en quatre mouvements et est traversée par un motif de quatre notes présent dans les thèmes des quatre mouvements. Elle a été récemment reprise par des récitalistes renommés[5][source insuffisante].
Malgré le titre qui pourrait le sous-entendre, il n'y a pas de deuxième symphonie, car Maquaire meurt l'année suivante. Alors domicilié à Neuilly-sur-Seine, il meurt à l'hôtel de Savoie, place de la Gare à Grenoble, à seulement 33 ans.
