Charlotte travaille pour une agence de voyages parisienne et doit créer un nouveau club de vacances. Elle décide de l'établir dans l'Afrique des Grands Lacs au contact des Pygmées. Elle se rend en Afrique à la recherche d'un site, en compagnie de Paul Planchet qui n'apprécie pas du tout de quitter son confort habituel.
Arrivés sur place, ils rencontrent le ministre qui leur promet des facilités pour leur recherche. Fait que Charlotte ignore, sur place se trouve son mari, Victor qui a quitté la France et s'est très bien acclimaté en Afrique en tant qu'épicier. Il cultive son potager, cohabite avec Eugénie, une Africaine ayant déjà quelques enfants, et il a transformé le minuscule aéroport en terrain de rugby.
Lors de ses déplacements en avion, Victor s'aperçoit que des éléphants sont abattus pour leur ivoire par des braconniers. Il réussit même à s'approvisionner en huîtres venant de France et les partage avec le conservateur de la réserve naturelle, le Dr Patterson. Charlotte et Planchet rejoignent le site à bord d'un DC-3. Victor leur coupe la route avec son avion léger, un de Havilland Canada DHC-2 Beaver, au moment où Aristote Poulakis, un trafiquant, doit embarquer les singes qu'il avait capturés. Sur un coup de colère, Victor libère les singes et détruit la cabane de l'aéroport. Obséquieux, Poulakis amène Charlotte et Planchet en ville.
Charlotte essaie d'amadouer Victor qui doit les conduire en avion. Les retrouvailles sont compliquées car Victor lui reproche d'avoir laissé dépérir les plantes et les animaux qu'il avait laissés après leur vie commune. Ils se fâchent. Charlotte découvre une tête de singe coupée jetée sur son lit pour l'effrayer. Elle accuse Victor qui n'y est pour rien. Victor se fâche quand elle lui dit qu'elle veut créer un club de vacances. Aristote propose de l'aider.
Malgré Victor, Patterson autorise Charlotte à installer son club. Finalement, Victor les emmène avec son avion, mais c'est pour les abandonner dans une région lointaine et isolée. À son retour « en ville », il apprend que Poulakis commence une expédition de braconnage dans la région où il a laissé sa femme. Très inquiet, il repart et découvre Poulakis en train d'abattre des animaux, ainsi que Charlotte et Planchet en situation difficile car la voiture qu'ils avaient réussi à trouver a eu un accident.
Finalement, ils restent fâchés et c'est Poulakis qui les ramène tandis que Victor doit bricoler pour un décollage difficile. Mais Poulakis poursuit ses activités de braconnage et se révèle menaçant. Charlotte s'échappe et Poulakis emmène Planchet. Avec son bateau, Victor réussit à retrouver Charlotte, et ils poursuivent leur odyssée le long du fleuve sur le territoire des pygmées. Ils se retrouvent dans leur village où ils sont bien acceptés, notamment parce que Charlotte a appris à parler leur langue, le bambouti. Ils repartent dans la forêt, mais Charlotte a renoncé à établir un club de vacances près des pygmées. Après diverses aventures, ils découvrent la caravane de Poulakis transportant de nombreuses défenses d'éléphants vers un hydravion pour quitter la région.
Victor et Charlotte réussissent à récupérer Planchet, à s'emparer de l'hydravion et à regagner la civilisation. L'aventure les a rapprochés, mais Charlotte et Planchet repartent en France, laissant Victor en Afrique. Les dernières paroles de Charlotte à Victor : « Si tu passes par Paris, tu pourras toujours m'en faire un. Fille ou garçon, ça m'est égal... ». Victor décolle à la suite de l'avion, le foulard de Charlotte noué au tour du cou, laissant penser qu'il veut l'accompagner au moins une partie du chemin[1].
Le film sort en France le et réalise un très bon démarrage avec 167 826 entrées à Paris la première semaine pour un total de 1 786 296 spectateurs lors de son exploitation en salles[4].
L'Africain est le premier film diffusé sur La Cinq avec une coupure publicitaire[réf. nécessaire].
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Ignacio Ramonet, dans Le Monde diplomatique en mai 1983, voit dans les « niaises péripéties de Catherine Deneuve et de Philippe Noiret, filmées par Philippe de Broca » une image stéréotypée, paternaliste et caricaturale de l'Afrique vue par un « cinéaste blanc » et s'incrivant dans « une tradition cinématographique fort ancienne »[5].
Lors de la réédition du film en DVD et blu-ray en 2014, Le Figaro rappelle que le film est, selon le producteur Pierre Grunstein, « un Indiana Jones à la française » ce d'autant que Steven Spielberg a régulièrement reconnu avoir trouvé dans les films de Philippe de Broca une inspiration pour son célèbre personnage d'aventurier apparu à l'écran pour la première fois deux ans auparavant[2].
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