Malgré un nouveau contrat signé avec les Jays à l'automne 2009, Phillips passe la saison 2010 dans les mineures. Le 25 juin, Toronto le transfère aux Padres de San Diego. C'est en mai 2011 que Phillips obtient une première chance de se faire valoir avec les Padres[3]. Le , il frappe son premier circuit dans le baseball majeur. Le coup réussi en 10emanche face au lanceur George Sherrill des Braves d'Atlanta permet aux Padres de gagner le match 3-2[4]. Il frappe deux circuits et produit 10 points en 36 matchs pour les Padres en 2011.
Il signe un nouveau contrat et retourne chez les Blue Jays le .
Vie personnelle
Kyle Phillips est vendeur de Cadillac d'occasion durant l'hiver dans la région de San Diego[5].
Son frère Jason Phillips[6], de près de sept ans son aîné, est aussi un receveur de baseball qui joue dans la Ligue majeure de 2001 à 2007 pour les Mets, les Dodgers et les Blue Jays.