Établie comme village au XIIIe siècle, Kozienice reçoit le statut de ville en 1322.
La communauté juive était historiquement importante dans la ville (appelée Kozhnitz en yiddish). Un des pionniers du mouvement du Hassidisme, le Maggid de Kozhnitz vient de cette ville et y fait débuter une dynastie hassidique (Kozhnitz(en)). En 1856, sur 2 885 habitants, 1 961 sont juifs et, en 1897, sur 6 882 habitants, les juifs sont 3 700. Avant la Seconde Guerre mondiale, cette communauté compte environ 5 000 membres[1].
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