Il s'éloigne de la politique active pendant plus de neuf ans, travaillant dans le secteur privé. Quelques années après l'indépendance de l'Arménie (proclamée le mais reconnue par l'Union soviétique le ), il revient à la vie politique, en se portant candidat à l'élection présidentielle de 1998. Alors qu'il était considéré comme une figure du passé, il cause une certaine surprise en remportant 30,6 % des suffrages au premier tour, et 40,5 % au second tour, face à Robert Kotcharian.
La même année, il crée le Parti du peuple d'Arménie, dont il prend la tête et, en vue des élections législatives de mai 1999, conclut une alliance, « Unité », avec le ministre de la Défense, Vasgen Sarkissian. L'alliance remporte la majorité absolue des sièges, avec 43 % des voix et Karen Demirtchian est élu président de l'Assemblée nationale en juin.
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