Juraj Herz naît en 1934 dans la partie slovaque de la Tchécoslovaquie. En 1943, sa famille est arrêtée par la milice Hlinka, et déportée au camp de Ravensbrück, tandis que Juraj est placé dans la partie russe du camp de Sachsenhausen.
En 1968, il réalise son premier film pour lequel il a les mains entièrement libres : L'Incinérateur de cadavres, d'après un récit de Ladislav Fuks. Des scènes sont cependant coupées, puis, quand l'auteur et scénariste tombe en défaveur, le film est censuré. Après ce film a lieu la normalisation en Tchécoslovaquie. Il parvient d'abord à réaliser Sladké hry minulého léta, qui reçoit un bon accueil, puis Petrolejové lampy d'après un roman de Jaroslav Havlíček. Des scènes sont encore censurées, mais il apprécie de travailler avec l'actrice Iva Janžurová, avec qui il tourne son film suivant, Morgiana.
En 1987, il part en Allemagne travailler pour la télévision. Il réalise d'autres contes, comme Le Roi Grenouille, et deux épisodes de la série télévisée Maigret. Il revient en République tchèque pour adapter un roman de Karel Pecka, Pasáž, en 1996. Il retrouve grâce à une coproduction franco-belge la même liberté que pour L'Incinérateur de cadavres.
