Juan Manuel Gaminara joue l'intégralité de sa carrière avec le club amateur des Old Boys, situé dans sa ville natale de Montevideo, qui dispute le championnat d'Uruguay[3]. Avec cette équipe, il remporte le championnat en 2010 et 2013[3].
En 2015, il fait partie du groupe uruguayen sélectionné par Pablo Lemoine participer à la Coupe du monde en Angleterre[5]. Il dispute les quatre matchs de son équipe dans la compétition, contre le pays de Galles, l'Australie, les Fidji et l'Angleterre. Placé dans un groupe très difficile, l'Uruguay perd logiquement tous ses matchs et finit à la dernière place de sa poule[2].
En 2016, il est nommé capitaine de la sélection uruguayenne[6].
En 2019, il est retenu dans la liste de 31 joueurs pour disputer la Coupe du monde 2019 au Japon[9]. Il dispute quatre matchs lors de la compétition, dont la victoire historique contre les Fidji[2],[10],[11].
En , il est annoncé qu'il laisse le capitanat à Andrés Vilaseca, et qu'il se met en retrait de la sélection uruguayenne pour se consacrer à son activité professionnelle[12].
