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Fils d'un domestique de la reine Hortense (mère du futur Napoléon III) qu'il a suivie dans son exil suisse au château d'Arenenberg, Joseph-Eugène Lacroix a des liens dès sa naissance avec la famille impériale, d'autant plus que sa sœur Hortense n'est autre que la filleule de la reine et sa secrétaire. Après la mort du père de Joseph-Eugène, sa mère devient gouvernante du palais Ruspoli, à Rome, ville où Joseph-Eugène Lacroix fera ses études.
Il est ensuite nommée collaborateur de Louis Visconti au palais des Tuileries, avant de devenir architecte du palais de l'Élysée en 1850, fonction qu'il occupe jusqu'en 1870[2]. Il y reconstruit les dépendances, restaure les salons, isole le palais à l'ouest en perçant la rue de l'Élysée. Il y fait également bâtir l'actuel portail d'entrée avec son porche en forme d'arc de triomphe. La même année, il restaure l'église Saint-Pierre-Saint-Paul de Rueil-Malmaison, qui abrite les corps de l'impératrice Joséphine et de sa fille la reine Hortense.
À partir de 1863, l'éditeur belge homonyme Albert Lacroix lui confie la mission d'édifier un hôtel et des villas surplombant la plage de Saint-Enogat, à Dinard.