Il était le cinquième enfant d'une famille où le père exerçait le métier de cantor (aliasKapellmeister : maître de musique et chef de chœur). Ce père était lui-même issu d'une famille de peintres de Markneukirchen dans le Vogtland.
Après un premier enseignement reçu de son père, il étudie à partir de 1697 avec Francesco Antonio Pistocchi et Giuseppe Torelli à la chapelle de la cour du duc d'Ansbach. Malgré la réduction de l'importance de celle-ci à compter de 1703, il y est néanmoins admis comme violoniste quelque temps plus tard. En mars 1709, il fait un voyage à Leipzig et, passant par Weimar, y fait la connaissance de Johann Sebastian Bach.
À partir de janvier 1712 et jusqu'à sa mort, il travaille à la Chapelle de la Cour de Saxe à Dresde, d'abord comme violoniste, puis — à compter de 1728 — comme Kapellmeister.
Le plus important de tous ses voyages est celui qui le mena en Italie en 1716 et 1717. Il passe une année à Venise aux frais de son prince et s'y lie bientôt d'une profonde amitié avec Antonio Vivaldi. Ce dernier lui dédie quatre sonates, cinq concerti et une sinfonia. Ces pièces ont été composées probablement entre 1717 et 1720 et elles portent la dédicace « fatte p.[er] Mr. Pisendel » (« faites pour Mr Pisendel »). Les originaux se trouvent à la Landesbibliothek de Dresde. Après son retour dans cette ville, il reçoit encore des compositions de Johann David Heinichen.
Johann Georg Pisendel est le plus remarquable des violonistes virtuoses d'Allemagne contemporains de Bach. Par sa science du violon, ses qualités de caractère et ses grandes qualités pédagogiques, il s'acquiert très tôt l'estime et l'amitié de très nombreux compositeurs allemands. Son activité comme maître des concerts à la Hofkapelle de Dresde valent à celle-ci une réputation internationale. C'est à Pisendel que Vivaldi doit son renom à Dresde.
Œuvres
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Discographie partielle
Sinfonia e Concerti (avec un Concerto de Georg Philipp Telemann), Virtuosi Saxoniae, Ludwig Güttler (1 CD Berlin Classics, 1079-2, 1993)
Sonates pour violon, en ré majeur, mi mineur, ut mineur, sol mineur ; pour violon solo en la mineur ; Anton Steck, violon, Christian Rieger, clavecin (1 CD CPO 999 982-2, 2004)