Wender travaille en étroite collaboration avec Jean-Sébastien Bach. J.S. Bach obtient son premier poste d'organiste en 1703 à la Bachkirche Arnstadt(de) à Arnstadt, après qu'il y a fait apporter l'orgue nouvellement construit par Wender. En 1707, Bach s'installe à Mühlhausen, ville où travaille Wender.
Wieland Meinhold(de) : Der Mühlhäuser Orgelbauer Johann Friedrich Wender und sein Wirken im Bereich des mitteldeutschen barocken Orgelbaues. In: Mühlhäuser Beiträge. 10, 1987, p. 36-41.
Uwe Pape (ed.): Lexikon norddeutscher Orgelbauer, tome 1 : Thüringen und Umgehung, p. 331. Pape Verlag, Berlin 2009, (ISBN978-3-921140-86-4).
Christoph Wolff, Markus Zepf : Die Orgeln J. S. Bachs - Ein Handbuch. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2008, (ISBN978-3-374-02407-0).