En 1553, l'oncle des frères, le prince Georges III, meurt sans descendance, et ils héritent de sa principauté d'Anhalt-Plötzkau. En 1561, Joachim-Ernest et Bernard VII héritent également de la principauté d'Anhalt-Dessau à la suite de la mort de leur autre oncle Joachim Ier, qui suit de quelques mois celle de leur frère aîné Charles. L'année suivante, leur cousin Wolfgang abdique en leur faveur : les deux frères règnent désormais sur toutes les principautés issues des divers partages de l'Anhalt depuis 1252.
En 1570, Joachim-Ernest se retrouve seul prince d'Anhalt après la mort de son frère Bernard. Il installe sa capitale à Dessau. Toutefois, comme la succession de la principauté n'est pas régie par le principe de primogéniture, cette unification de l'Anhalt est de brève durée : après la mort de Joachim-Ernest en 1586, ses fils lui succèdent conjointement, mais ils procèdent à un nouveau partage en 1603.
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