À la mort de son père en 1460, conformément au testament de ce dernier, il devient conjointement avec son frère puiné
Sigismond duc de Bavière à Munich. Peu de temps après il meurt de la peste
et il a comme successeur Albert IV le Sage le troisième frère survivant qui faisait ses études en Italie à Pavie et se destinait à une carrière ecclésiastique. Jean IV est inhumé aux côtés de son père dans l'église de l'abbaye d'Andechs.
Anthony Stokvis, Manuel d'histoire, de généalogie et de chronologie de tous les États du globe, depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours, préf. H. F. Wijnman, Israël, 1966, chapitre VIII Maison de Wittelsbach. Ducs, princes-électeurs depuis 1623 p. 169 et « Généalogie de la Maison de Wittelsbach (Bavière) » tableau généalogique no 61 .
(de) Helga Czerny: Der Tod der bayerischen Herzöge im Spätmittelalter und in der frühen Neuzeit 1347–1579. Vorbereitungen – Sterben – Trauerfeierlichkeiten – Grablegen – Memoria. C. H. Beck, München 2005, (ISBN3-406-10742-7), p. 205–210 (= Schriftenreihe zur bayerischen Landesgeschichte, Band 146; zugleich Dissertation, Universität München 2004).
