Après la guerre, il reprend son activité syndicale à la CNT Française puis adhère à la Fédération anarchiste dont il devient un membre important du Groupe Sébastien Faure de Bordeaux.
En 1980 la majorité des militants de ce groupe décident de quitter la FA à la suite de nombreux désaccords (sur l'engagement syndical, un certain sectarisme parisien,...). Ils créent autour de Jean Barrué et Gilles Durou le Groupe Anarchiste de Bordeaux (GAB) très actif dans cette période (Libraire « l'en dehors », Radio, débats, collectifs,...). Jean Barrué détonant par son calme dans ce milieu de « grandes gueules » y fut un modèle, pour les jeunes militants, par la clarté de son engagement. Il fut membre du GAB jusqu'à la disparition en 1985 de ce groupe à la suite de désaccords internes, ses autres membres militant par la suite à la FA et l'OCL. Pour Jean déjà malade et se déplaçant peu, le GAB fut son dernier groupe.
Grand spécialiste de l'Allemagne, il utilisa ses connaissances au sein du secrétariat des relations internationales de la FA et dans de nombreux articles. Il collabora au Monde libertaire, à la revue La Rue, à la revue allemande Befreiung, à "Dégel" du GAB, au mensuel "Le Libertaire" de l'Union des Anarchistes (dont il ne fut néanmoins jamais adhérent).
Son influence sur les jeunes militants se retrouve aujourd'hui dans le nom "Cercle Jean Barrué" donné à un groupe de la FA à l'initiative d'un ancien du groupe Sébastien Faure et du GAB.
Il est également le traducteur de plusieurs ouvrages dont La réaction en Allemagne de Bakounine, Anarchisme et marxisme dans la révolution russe d'Arthur Lehning et de différents textes de Max Stirner sur l'éducation.
Son œuvre reste le livre L'Anarchisme aujourd'hui, Spartacus, Paris, 1970.
