En 1840, il a été nommé médecin des Hôpitaux de Paris. Il pratiqua la médecine jusqu'en 1870.
En 1871, il a été élu vice-président de l'Académie de médecine, et devint ensuite son président.
Avec le pédiatre et cardiologue français Henri-Louis Roger (1809-1891), Jean Baptiste Barth a publié un ouvrage sur l'auscultation Traité pratique à l'auscultation, édité en 1865, à Paris, aux éditions Asselin.