Son père exerçait la profession de chaudronnier, marchand mercier à Lavelanet. Sous l'Ancien Régime, Jean-Baptiste Clauzel est lui-même commerçant dans sa région natale notamment dans les domaines du textile et des peignes en corne[2].
Il siège dans les rangs de la Montagne. Il vote la mort sans sursis ni appel au peuple lors du procès de Louis XVI. Il vote contre la mise en accusation de Jean-Paul Marat tout en marquant ses dissidences avec lui : « Je dis non ; quoique je sois très éloigné d'adopter tous les principes de ce fanatique ami de la Révolution »[6]. Il vote contre le rétablissement de la Commission des Douze[7]. Après la crise du 9 thermidor, Clauzel siège au Comité de Sûreté générale entre le 15 fructidor an II[8] et le 15 frimaire an III[9] (entre le 1er septembre et le 5 décembre 1794). Il demande que les anciens membres du Comité de Salut public, Barère, Billaud-Varenne et Collot d'Herbois soient mis en état d'arrestation. Il est envoyé en mission auprès de l'armée des Pyrénées Orientales en remplacement de Projean.
Revenu à l'armée des Pyrénées, il trouve celle-ci désorganisée alors que la paix est sur le point d'être signée, il réprime les royalistes qui tentent de prendre le pouvoir à Toulouse.