Le botaniste Jean-Emmanuel Gilibert souhaite créer un jardin botanique à Lyon et tente de le créer dans l'actuel quartier des Brotteaux en 1765, mais échoue. La création du jardin est décidée par le département le . Dès lors, Gilibert en prend la direction et on décide d'installer un jardin de plantes exotiques et indigènes dans le clos de l'Oratoire. Celui-ci est déplacé dans l'ancien couvent des Dames de la Déserte, à son emplacement actuel sur les pentes de la Croix-Rousse.
Vers 1820, le jardin ouvre au public. En 1857, l'exiguïté du terrain et l'impossibilité d'agrandir le jardin poussent le préfet Claude-Marius Vaïsse à déplacer la collection de 4000 plants dans l'actuel parc de la Tête-d'Or, alors en cours d'aménagement. Il s'y trouve encore aujourd'hui sous le nom de jardin botanique de Lyon.
Après le déplacement des collections, plusieurs voies sont tracées dans le jardin[1] :
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