Lors du mariage de Napoléon III avec Eugénie de Montijo en 1853, la Ville de Paris offre un collier de diamants à l'impératrice. Celle-ci le refuse et demande que l'on fasse plutôt construire un orphelinat, la future Maison Eugène-Napoléon. Le projet se concrétise en 1856, et est agrémenté de l'actuel jardin, dont le dessin n'a pas été modifié depuis[2].
Jusqu'en 2007, le jardin faisait partie intégrante de la Fondation Eugène-Napoléon et n'était pas ouvert au public. Cette année là, le jardin est ouvert au public sous le nom Jardin de la Fondation-Eugène-Napoléon.