Entre 1986 et 1992, Jan Stejkal jouera vingt-neuf fois avec l'équipe de Tchécoslovaquie, disputant notamment la Coupe du monde en 1990, où les Tchécoslovaques seront éliminés en quart de finale par la RFA 1-0 (Jan disputant les cinq matches de son équipe lors de cette compétition). Après la séparation de la Tchéquie et de la Slovaquie intervenue lors des éliminatoires de la Coupe du monde 1994, il jouera deux fois avec l'équipe de Tchéquie en 1994.