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Jaan Einasto a étudié à l'université de Tartu, où il reçut son équivalence d'un doctorat en 1955 et un doctorat de chercheur senior en 1972. À partir de 1952, il a travaillé comme scientifique à l'observatoire de Tartu. De 1977 à 1998, il prit la tête du département de cosmologie. De 1992 à 1995, il fut professeur de cosmologie à l'université de Tartu. Il a pendant longtemps dirigé la division astronomie et physique de l'Académie estonienne des sciences à Tallin. Einasto est membre de l'Academia Europaea, de la Société astronomique européenne et de la Royal Astronomical Society ; il a reçu trois fois le prix national des sciences d'Estonie.
1994 : Membre de la Royal British Society of Astronomy
Einasto s'est attiré l'attention de la communauté scientifique internationale aussi bien que celle du public par ses travaux sur la formation structurale et l'évolution de l'Univers. Il a notamment proposé le modèle qui porte son nom de distribution de densité radiale des amas de galaxies en 1963.
Il a trois enfants, dont une fille, Maret, elle aussi astrophyscienne et cosmologiste, travaillant à l'Observatoire de Tartu.