En 1993, le directeur artistique Thomas Langhoff l'engage au Deutsches Theater de Berlin, et il y reste jusqu'en 1999. Depuis, il travaille à nouveau en tant que metteur en scène indépendant.
Les productions de Jürgen Gosch sont régulièrement invitées au Theatertreffen de Berlin depuis 1982.
En 2005, sa production de Macbeth au Düsseldorfer Schauspielhaus provoque un scandale à Düsseldorf en raison de ses scènes sanglantes et prétendues brutales. Le public de la première quitte le théâtre en grand nombre, le non-conformisme de Gosch — tous les rôles étaient tenus par des hommes nus d'âges différents — étant en contradiction avec les attentes du public d'une fidélité à l'œuvre. Malgré son équipement catégoriquement artificiel et le caractère du jeu, cette production déclenche une discussion sur les représentations raisonnables de la violence sur scène, similaire à ce que Botho Strauss et Luc Bondy ont vécu avec leur adaptation Titus-Andronicus à Paris la même saison.
Le 24 novembre 2006, Gosch reçoit le prix Faust-Theaterpreis(en) dans la catégorie « Meilleur metteur en scène dramatique » pour sa production de Macbeth. En 2006, il reçoit le prix de la critique allemande (Deutscher Kritikerpreis) après l'avoir déjà reçu en 1984. En 2008, la production d'Oncle Vania au Deutsches Theatre Berlin est choisie par le jury du magazine de théâtre Theater heute comme production de l'année.
Sa production de La Mouette d'Anton Tchekhov au Deutsches Theater Berlin — en coproduction avec la Volksbühne sur la Rosa-Luxemburg-Platz — remporte un grand triomphe fin 2008. Quelques autres productions prévues, par exemple Faust au Burgtheater de Vienne et Carmen au Deutsche Oper de Berlin, ont dû être annulées en raison d'un cancer grave. En avril 2009, cependant, il a pu montrer Idoménée de Roland Schimmelpfennig au Deutsches Theater de Berlin.
Dans ses dernières années, il a vécu avec l'actrice et réalisatrice Angela Schanelec qui est la mère des deux plus jeunes de ses cinq enfants.
Production (sélection)
1968 : Der Regenwettermann (Soldier Gleß) d'Alfred Matusche, mise en scène de Günter Rüger (Hans Otto Theater Potsdam)
1968 : Die Matrosen von Cattaro (Ensign Sesan) de Friedrich Wolf, mise en scène de Peter Kupke (Hans Otto Theatre Potsdam)
1969 : Campfire (outilleur) de Klaus Wolf, mise en scène de Peter Kupke (Hans Otto Theatre Potsdam)
1970 : Egmont de Johann Wolfgang von Goethe, dans l'adaptation de Friedrich Schiller (Bürger), mise en scène de Peter Kupke (Hans Otto Theatre Potsdam)
1980 : Hedda Gabler (enregistrement en studio pour la télévision)
1980 : Guten Morgen, du Schöne: Julia (téléfilm)
1981 : Experimente (mise en scène, scénario)
1982 : Stella (téléfilm)
1992 : Miraculi
2004 : Marseille
2009 : Wir waren so frei
Radio
1976 : Hans Skirecki : Derrière Wittenberge (Dr Klippe) - Réalisateur : Barbara Plensat (pièce radiophonique - Diffusion de la RDA)
Récompenses
2009 : Prix du Théâtre (Berlin) : Jürgen Gosch a reçu le prix conjointement avec le décorateur Johannes Schütz (Gosch et Schütz travaillent ensemble depuis 1991). La raison en est que Gosch a « façonné et enrichi le théâtre contemporain d'une manière unique à travers (...) l'indépendance intellectuelle ». La cérémonie de remise des prix a eu lieu le 3 mai 2009 au Deutsches Theater.