La région d'Hollabrunn était déjà habitée à l'époque néolithique.
En 1336 la ville fut dévastée par les troupes de Jean Ier de Bohême (qui fut plus tard allié aux rois de France, et mourut à la bataille de Crécy contre les Anglais).
En 1683 elle fut traversée par l'armée de Jean III Sobieski qui se rendait à Vienne combattre les Turcs.