En 1532 et 1533, il traduit en bas allemand la Bible de Martin Luther. Hermann Bonnus promut la coopération entre les ministères membres du clergé de Lübeck, Hambourg et Lunebourg au sein d'un ministère « Tripolitanum » et favorisa l'émergence d'une église confessionnelle luthérienne dans les villes allemandes du Nord. En 1543, il organise l'église protestante de la ville d'Osnabrück.
En 1548, Hermann Bonnus meurt et laisse une veuve et six enfants. L'un d'eux, Arnold, deviendra maire de Lübeck.
