1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 20 avril 2022
Il signe son premier contrat professionnel en 2012 avec l'AJ Auxerre pour une durée de deux ans, en compagnie de son compatriote Rémy Ebanega, lui aussi défenseur central. Il dispute son premier match contre Laval ou il rentre à la 83e minute en remplaçant Dennis Oliech[2].
Sur la saison suivante, Henri Ndong après une bonne préparation gagne définitivement sa place dans le groupe pro, il commence la saison avec Casoni comme n°3 en défense centrale derrière le duo Boly-Coulibaly assurant à chaque fois l'intérim avec beaucoup de sérieux, mais finalement, il termine la saison titulaire au poste d'arrière droit à la suite de l'arrivée de Jean-Luc Vannuchi. Auteur de très bonnes performances sous le maillot auxerrois, il fut élu 3e meilleur joueur du mois de mars[3] et meilleur joueur du mois avril [4]. Il participe ainsi très activement au maintien du club en Ligue 2.
En fin de contrat et alors qu'il est sollicité par plusieurs clubs de 1ères division notamment Genk[5] il prolonge son contrat avec l'AJ Auxerre jusqu'en 2016[6].
La saison 2014-2015 est plus difficile pour lui, sa préparation d'avant saison étant tronquée par divers soucis de santé (paludisme)[7]. Il ne prend part à son premier match de championnat qu'à la cinquième journée (défaite 2-1 contre Valenciennes). Entre son paludisme, ses déplacements en sélection, le manque de confiance de Vannuchi et une entorse à la cheville contracté mi-novembre qui le privera d'un mois et demi de compétition, il ne participe qu'à 8 matchs avec son club durant la première partie de saison, en parallèle il participe à 4 des 6 matchs de qualification de la CAN 2015 avec le Gabon qui se qualifie en terminant premier de sa poule. En janvier, il dispute donc la CAN 2015 en Guinée équatoriale.
Ndong possédait une société de taxi dans son pays qu'il avait monté grâce à ses différentes primes gagnées en sélection[8].
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