Le Calypso participe à la deuxième bataille de Heligoland le , où il est touché par un obus de 150 mm tuant la totalité du personnel présent sur le pont. Ce tir provoque ensuite une explosion accidentelle de torpille.
Le , le destroyerVenomous(en) naviguait dans le grand port de La Valette lorsqu'il percute et coule accidentellement un bateau à moteur appartenant au Calypso. Les quatre personnes présentes à bord seront sauvés par le destroyer HMS Umpire(en).
Durant le premier mois de la Seconde Guerre mondiale, le Calypso sert dans la 7eescadre de croiseurs. Il sert de navire de blocus en mer du Nord entre l'Écosse et l'Islande. Le , il intercepte le navire marchand allemand Minden au sud de l'Islande, mais son équipage le sabordera avant qu'il ne puisse être capturé. Le , il capture le navire marchand allemand Konsul Hendrik Fisser en Islande.
Deux jours après la déclaration de guerre de l'Italie, le Calypso mène des opérations de lutte contre les navires italiens naviguant vers la Libye, lorsqu'il est touché par une torpille du sous-marin italien Alpino Attilio Bagnolini, commandé par Franco Tosoni Pittoni, à environ 50 mi (80,467 2 km) au sud du cap Lithion, en Crète, en Méditerranée orientale. Le naufrage s'est produit le à 0 h 59, ce qui fait du Calypso le premier navire de la Royal Navy à être coulé par la Regia Marina durant la Seconde Guerre mondiale.
Un officier et 38 marins décèdent dans cette attaque. La majorité des survivants sont secourus par le destroyer Dainty(en) et débarqués à Alexandrie.
Notes
↑Dans la marine des forces britanniques, HMS signifie Her Majesty's Ship ou His Majesty's Ship, selon que le monarque anglais est de sexe féminin ou masculin
Major-General I.S.O. Playfair, Brigadier C.J.C. Molony, Captain F.C. (R.N.) with Flynn et Group Captain T.P. Gleave, The Mediterranean and Middle East, Volume I : The Early Successes Against Italy, to May 1941, Uckfield, UK, Naval & Military Press, (1re éd. 1st. pub. HMSO:1954), 531 p. (ISBN978-1-84574-065-8)
(en) M. J. Whitley, Cruisers of World War Two : an international encyclopedia, London, Brockhampton Press, (1re éd. 1994), 288 p. (ISBN978-1-860-19874-8)