Située à environ 200 km à l'est du Bosphore, la ville fut fondée vers le VIe siècle av. J.-C. (560 / 558 av. J.-C.) par des colons de Mégare[1] et de Béotie[2] et fut nommée d'après Héraclès. Cité de faible importance, Héraclée disposa cependant d'une flotte capable de prendre part à divers combats[3], en particulier contre les princes du Bosphore cimmérien : un grand nombre de trières purent être armées grâce aux services de la population indigène des Maryandines, à titre d'esclaves volontaires, au prix de l’aide et de la protection que la cité leur accordait[4].
Lieu de naissance du philosophe Héraclide du Pont, elle fit l'objet d'une Histoire dont il est auteur, en au moins seize livres, et un autre ouvrage homonyme de Memnon d'Héraclée. Cette œuvre à présent disparue ne subsiste que sous la forme d'un résumé des livres 9 à 16 dans la Bibliothèque de Photios. Ce résumé couvre la période s'étalant de la tyrannie de Cléarque (vers 364 ou 353 av. J.-C.) aux dernières années de Jules César.
353 - 338 : Timothée d'Héraclée († 338), fils du précédent. Il règne conjointement avec son frère Denys, d'abord sous la régence de leur oncle Satyros(pt), frère de Cléarque.
353 / 338 - 306 : Denys (361 - 306), frère du précédent. Il règne conjointement avec son frère Timothée puis seul après la mort de celui-ci.
À sa mort en 306, Denys laissa la tutelle de ses enfants et la régence de la cité à son épouse Amastris.
306 - 284 : Oxyathrès († 284) : fils du précédent. Il règne conjointement avec son frère Cléarque sous la tutelle de leur mère Amastris.
306 - 284 : Cléarque II († 284) : frère du précédent. Il règne conjointement avec son frère Oxyathrès sous la tutelle de leur mère Amastris. En 302, Amastris épousa en troisièmes noces Lysimaque, roi de Thrace, après la mort de sa première épouse Nikaia, une autre fille d'Antipatros. Mais elle fut rapidement répudiée () au profit de la belle Arsinoé, la fille de Ptolémée Ier Sôter, roi d'Égypte. Amastris se retira alors à Héraclée du Pont, qu'elle gouvernait toujours au nom de ses fils.
En , Amastris mourut noyée par ses deux fils, Oxyathrès et Cléarque II, probablement à l'instigation de Lysimaque, entre-temps devenu roi de Macédoine en 285. Cet événement donna l'occasion à Lysimaque d'intervenir et de s'emparer de la ville après avoir fait exécuter les deux assassins. Ainsi prit fin la tyrannie à Héraclée du Pont, qui intégra le royaume de Lysimaque. À la mort de celui-ci, tué par Séleucos IerNicatôr, roi de Syrie, à la bataille de Couroupédion en , Héraclée du Pont s'émancipa à nouveau et s'associa à Byzance et à Chalcédoine dans une Ligue du Nord qui échappa à l'autorité séleucide. Vers 300 av. J.-C., Amastris avait fondé la cité de Sesamos sur la côte de Paphlagonie ; cette cité allait rapidement prendre son nom, Amastris, avant d'être rebaptisée Amasra à l'époque ottomane (1460).