Gregorio Manzano a commencé sa carrière d'entraîneur en 1983 dans divers clubs de Jaen. En 1990 il fut nommé à la tête du Real Jaen alors en troisième division. Il prit ensuite les rênes du club de Talavera en Segunda División B, puis de Tolède en Segunda División.
En 2006, Gregorio Manzano entame sa deuxième étape au RCD Majorque, club qu'il quitte en juin 2010 après avoir terminé à la cinquième place du championnat.
Le , il devient l'entraîneur de Séville FC à la suite du licenciement d'Antonio Alvarez. Manzano débute par une victoire en Ligue Europa face au Borussia Dortmund. Mais à la fin de la saison, terminée à la cinquième place en Liga, le Séville FC décide de ne pas renouveler le contrat de Manzano.
Gregorio Manzano est un des rares entraîneurs de première division à n'avoir jamais été joueur professionnel.
Le , il entame sa troisième étape comme entraîneur du RCD Majorque à la suite de l'éviction de Joaquín Caparrós[1]. En , Gregorio Manzano quitte Majorque après la relégation du club en Liga Adelante.
Le , Gregorio Manzano est recruté par le club chinois de Beijing Guoan[2]. Il parvient à placer le club à la deuxième place du championnat chinois et à le qualifier pour la Ligue des champions asiatique. Grâce à ces bonnes performances, son contrat est renouvelé.
En , après une série de mauvais résultats, Gregorio Manzano est remercié par le club chinois du Guizhou Zincheng[3].
