Après avoir été ordonné prêtre le pour le diocèse de Milan, Giovanni Saldarini poursuit ses études obtenant une licence de théologie à l'Université de Milan et une licence en Écriture sainte à l'Institut pontifical biblique de Rome.
Il enseigne ensuite l'Écriture sainte au séminaire de Venegono avant d'exercer différents ministères paroissiaux.
En 1983, il devient pro-vicaire général de l'archidiocèse de Milan responsable de la pastorale diocésaine.