Il combat d'abord victorieusement les turcs de Buda qu'il défait en . Favorable au protestantisme il intervient ensuite dans la guerre de Trente Ans aux côtés de la Suède et de la France contre l'empereur Ferdinand III de Habsbourg. Par la paix séparée de Linz en 1645 il obtient la liberté de culte pour les protestants de la Hongrie royale contrôlée par l'empereur, ainsi que la cession de sept comtés du nord-ouest du pays. Il fait désigner comme successeur son fils aîné et meurt le .
Il avait fait construire à Eperjes une belle demeure qui porte toujours son nom, le Palais Rákóczi. Cette maison fut le lieu de signature de la Paix de Prešov (Eperjesi béke en hongrois) le , conclue entre lui, prince de Transylvanie, et Ferdinand II, empereur du Saint Empire.
