En août 1942, Friedrich-Wilhelm Müller est promu Generalmajor et prend le commandement de la 22. Infanterie-Division, qui est transférée du front de l'Est à la garnison de la Crète occupée (Festung Kreta, la « forteresse Crète »).
En Crète, Müller va devenir tristement célèbre pour sa brutalité. Il est responsable de nombreuses atrocités commises sur l'île comme l'Holocauste de Viannos, la destruction d'Anógia et des villages de Kédros d'Amari, l'exécution de civils à Damasta, etc., recevant le surnom de Boucher de Crète. Durant l'automne 1943, il dirige les forces allemandes dans leur victoire sur les forces italo-britanniques lors de la campagne du Dodécanèse. Le 13 août 1944, il remplace Bruno Bräuer en tant que commandant de Crète.
En 1945, Müller commande la 4e armée sur le front de l'Est. La 4e armée avait déjà été décimée par les combats dans la poche d'Heiligenbeil lorsqu'il en prend le commandement. Müller termine la guerre en province de Prusse-Orientale avant d'être capturé par les Soviétiques.
En 1946, il est jugé par un tribunal grec à Athènes pour les massacres d'otages pour représailles. Il est condamné à mort le 9 décembre 1946 et fusillé le 20 mai 1947[2], avec l'ancien général Bruno Bräuer, à la date anniversaire de l'invasion allemande de la Crète.
Ill Met by Moonligh
Le plan original du Special Operations Executive (SOE), comme Stanley W. Moss le décrit dans son livre Ill Met by Moonlight adapté plus tard au cinéma, était de capturer Müller, le commandant de la Division Sebastopol. Il fut cependant remplacé par le général Heinrich Kreipe. Le SOE crut que Müller avait quitté la Crète, alors qu'il remplaçait Bräuer à La Canée en tant que commandant de l'île. L'opération a néanmoins été menée à bien, le SOE concluant qu'un général allemand capturé en valait bien un autre.
(de) Walther-Peer Fellgiebel, Die Träger des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes, 1939-1945 : die Inhaber der höchsten Auszeichnung des Zweiten Weltkrieges aller Wehrmachtteile, Friedberg/H, Podzun-Pallas, (ISBN3-790-90284-5)
Scherzer, Veit (2007). Ritterkreuzträger 1939–1945 Die Inhaber des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939 von Heer, Luftwaffe, Kriegsmarine, Waffen-SS, Volkssturm sowie mit Deutschland verbündeter Streitkräfte nach den Unterlagen des Bundesarchives. Jena, Allemagne: Scherzers Miltaer-Verlag. (ISBN978-3-938845-17-2).
Scherzer, Veit (2007). Ritterkreuzträger 1939–1945 Die Inhaber des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939 von Heer, Luftwaffe, Kriegsmarine, Waffen-SS, Volkssturm sowie mit Deutschland verbündeter Streitkräfte nach den Unterlagen des Bundesarchives. Jena, Allemagne: Scherzers Miltaer-Verlag. (ISBN978-3-938845-17-2).
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