Freimut Börngen étudie au lycée à Halle, en Allemagne, et y obtient un baccalauréat en 1951, puis étudie la physique à l'université Martin Luther. Après quelques activités dans le domaine de la médecine, il est appelé par Nikolaus Richter en tant que collaborateur scientifique à l'Observatoire Karl-Schwarzschild de Tautenburg, où il travaille jusqu'à sa retraite en 1995, et depuis en tant que collaborateur extérieur.
En retombée de ses travaux, il a découvert beaucoup d'astéroïdes (538 entre 1961 et 1995, d'après le Centre des planètes mineures[2]). La recherche d'astéroïdes devait être faite en dehors des heures de travail, car cette activité n'était pas considérée assez prestigieuse par les responsables de la recherche de la République démocratique allemande. Durant le régime est-allemand, Börngen se limita à des noms politiquement neutres pour désigner ses astéroïdes, tels que des thèmes liés à la Thuringe ou des scientifiques ou des compositeurs célèbres. On peut citer à titre d'exemple : (2424) Tautenburg, (3245) Jensch, (3181) Ahnert ou (3941) Haydn.
Après la réunification allemande, il choisit systématiquement des noms historiques, culturels, scientifiques ou géographiques, récompensant parfois des astronomes amateurs. Les autres noms comprennent des combattants contre le régime nazi ou indiquent un intérêt religieux.
Freimut Börngen jouit d'une grande réputation dans la communauté scientifique internationale pour ses qualités humaines et ses choix de noms bien argumentés. L'IAU a baptisé de son nom l'astéroïde (3859) Börngen, découvert par Edward Bowell sur le site Anderson Mesa de l'observatoire Lowell dans l'Arizona.