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Fils de Ramon d'Arquer et de Rafaela Milans del Bosch i Canal, Francisco naît dans une famille de paysans aisés. Il intègre l'armée espagnole et participe en 1793 à la guerre du Roussillon, dans les troupes du général Antonio Ricardos, au grade d'officier alférez (cavalier porte-drapeau). En novembre 1794 il est blessé lors de la bataille de la Sierra Negra. Il obtient le grade de lieutenant en 1796.
