Giner est un personnage clef en raison de son influence sur l'intégration en Espagne des idéaux libéraux des Lumières, et en particulier du radicalisme laïque français, qui seront en grande partie repris par les intellectuels républicains.
Il naît à Ronda, dans la province de Malaga dans une famille aisée, ce qui lui permet de suivre une formation universitaire. Il étudie la philosophie à Barcelone et à Grenade, s'installe à Madrid en 1863, où il côtoie le professeur Julián Sanz del Río(es), introducteur en Espagne des idées de Karl Christian Friedrich Krause (voir Panenthéisme), qui marqueront profondément la pensée et l'œuvre de Giner[1]. Il obtient la chaire de Philosophie du Droit et de Droit International à l'Université de Madrid. Son caractère profondément critique et son travail considérable en tant qu'enseignant en feront l'une des figures incontournable du Madrid universitaire. Il n'hésite pas à affronter directement certaines ordonnances contraires à la liberté de chaire adoptées par le ministre du développement Manuel Orovio Echagüe(es), en 1875.
En conséquence de son opposition au gouvernement des Bourbons, il est destitué de sa chaire en 1875, avec plusieurs amis et disciples, dont bon nombre partageront dorénavant les grands rêves de réformes de Giner. Il décide de lancer « l'Institution libre d'enseignement », l'une des initiatives qui a le plus marqué l'éducation en Espagne.
Penseur et jurisconsulte renommé, c'est toutefois à travers cette Institution que le génie pédagogique de Giner trouvera sa meilleure expression. À partir de cet instant et jusqu'à la fin de ses jours, don Francisco Giner de los Ríos se consacrera corps et âme à mettre en pratique les principes pédagogiques de l'institution : formation d'hommes utiles à la société, mais surtout des hommes capables de concevoir un idéal ; éducation et reconnaissance explicite de la femme sur un pied d'égalité avec l'homme ; rationalisme, liberté d'éducation et de recherche, liberté de textes et suppression des examens ne supposant qu'un travail de mémorisation. En résumé, une école active, neutre et non dogmatique, reposant sur la méthode scientifique et visant à la formation d'homme complets, ouverts à tous les domaines du savoir humain.
Ses principes pédagogiques le rapprochent dans une certaine mesure de l'école socratique, dans laquelle c'est le savoir et la sagesse qui font la véritable autorité et la valeur d'un enseignant.