Titulaire d’une licence en gestion des institutions de santé et en droit, il intervient dans le domaine de l’agriculture et du transport des biens. Il a été directeur administratif de plusieurs institutions de santé, notamment à Lemera, Pinga/Nord-Kivu et Panzi/Bukavu. Il a coordonné les activités d’assistance aux déplacés à Goma et aux Pygmées d’Ituri.
En 2011, il rejoint le Mouvement social du renouveau dont il est cofondateur. Il est encore réélu, cette fois-ci aux législatives nationales. Il devient l’un des principaux lieutenants du parti avec Pierre Lumbi.
En 2015, ce dernier fait défection. Il rejoint les frondeurs de la majorité. Mais, François Rubota, fidèle à son obédience politique, devint le secrétaire général du parti. Et, au même moment, président du regroupement politique Alliance des démocrates pour le renouveau et le progrès, ADRP. En 2021, il répond à l’appel du président Félix Tshisekedi et adhère à la vision du chef de l’État de l’Union sacrée de la nation.
De 2017 à 2021, il dirige la Caisse nationale de péréquation.
En , dans le cadre d'une enquête sur des détournements de fonds publics et de la corruption relative à un marché signé en 2021, le procureur près la Cour de cassation interdit à François Rubota Masumbuko (ainsi qu'à Nicolas Kazadi et Guy Mikulu Pombo) de quitter le territoire national[4].
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