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François Bourdillon obtient son doctorat d'état en médecine le 29 juin 1979. Il sera qualifié en santé publique en 1996 et nommé professeur associé en santé publique en 2016 à Paris VI, à la Pitié Salpêtrière[réf. nécessaire].
Il a été responsable au Burkina Faso des actions de recherches épidémiologiques en médecine tropicale et nutritionnelle dans le cadre du programme de la Délégation générale à la recherche scientifique et technique intitulé : Lutte contre l'aridité en milieu tropical (1978-79). Il a été médecin coordinateur de l'accueil sanitaire des réfugiés d'Asie du Sud-Est en France puis directeur de l’association Migrations Santé (1980-90), puis chargé d'études sur le sida à l'Observatoire Régional de Santé Ile-de-France jusqu'en 1993. En 1993 il a rejoint le ministère de la santé où il a été chargé d'études puis responsable de la mission sida. Entre 1998 et 2001 il a été chef de bureau « Pathologies et organisation des soins » à la direction des hôpitaux. De 2001 à 2002 il a été conseiller technique au cabinet du ministre délégué à la santé chargé des programmes de santé publique (maladie d'Alzheimer, insuffisance rénale chronique, diabète...). Entre 2003 à 2011 il a été responsable de l’unité fonctionnelle évaluation – accréditation au sein du département de biostatistiques, de santé publique et d’information médicale de la Pitié-Salpêtrière. En 2011, il est nommé Chef du Pôle Santé Publique, Évaluation et Produits de Santé - Hôpitaux universitaires la Pitié-Salpêtrière Charles Foix et Responsable du département de biostatistiques, santé publique et information médicale.
Il est ensuite nommé directeur général de l'InVS[2] et de l'INPES avec pour mission de préfigurer l'agence nationale de santé publique qui sera créée en juin 2016. Il a été directeur général de Santé Publique France, l'agence nationale de santé publique, de 2016 à 2019[3].
Publications
2004 : François Bourdillon, Gilles Brücker et Didier Tabuteau, Traité de santé publique, Flammarion puis Lavoisier, coll. « Médecine Sciences » (réimpr. 2007 et 2016).
2007 : avec Dominique Simon, M. Popelier et André Grimaldi, Éducation thérapeutique, prévention et maladies chroniques, Masson 4e édition 2020, 433 pages (prix Prescrire 2007 du livre médical et pharmaceutique[réf. nécessaire]).
Audition assemblée nationale. Audition du 9 juillet 2014 - Commission des affaires sociales : M. François Bourdillon, dont la nomination à la DG de l'Institut national de veille sanitaire est envisagée
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