Engagé volontaire dans le Royal Canadian Volunteer Regiment comme officier, puis lieutenant-colonel dans la milice, il servit durant la guerre anglo-américaine de 1812. Il hérita de la seigneurie de Contrecœur de son beau-père en 1807 et en devint le seigneur principal en 1816.
Riche marchand, François-Xavier Malhiot se fit élire député du comté de Richelieu à l'Assemblée législative du Bas-Canada lors d'une élection complémentaire en 1815, mais ne se représenta pas. En 1828, il fut élu dans le comté de Surrey, car Louis-Joseph Papineau, qui y avait élu dans deux comtés, choisit celui de Montréal Ouest. Malhiot appuya les résolutions critiquant le comportement du gouverneur, ce qui lui valut d'être destitué de son poste dans la milice par Lord Dalhousie. En 1830, il fut réélu dans le comté de Verchères (nouvelle dénomination du comté de Surrey) mais démissionna en 1832 après avoir été nommé au Conseil législatif du Bas-Canada.
