En 1755, ce bâtiment était commandé par le chevalier Marin de Marnières lorsqu'il fut requis pour faire partie de l'escadre de Dubois de La Motte chargée de transporter d'importants renforts pour le Canada[4]. La Fleur de Lys remplit sa mission sans encombre et ne fut pas interceptée par les forces anglaises de Boscawen qui cherchaient à empêcher les Français d'arriver au Canada alors que la guerre reprenait entre les deux pays.
Le , le Fleur de Lys repart pour Louisbourg dans une force de onze voiles qui doit rejoindre deux autres divisions parties à des dates différentes. Elle arrive le . La frégate stationne pendant tout l’été à Louisbourg, intégrée à la puissante concentration navale de Dubois de La Motte qui défend victorieusement la place cette année-là. Au retour, comme tous les navires de l'escadre, elle est touchée par l'épidémie de typhus qui décime les équipages. Cependant, elle échappe à la capture devant Brest, contrairement à deux des cinq frégates de l'expédition.
Le , la Fleur de Lys, qui naviguait au large de Saint-Domingue en compagnie d'une autre frégate et d'une corvette[5], subit l'attaque de trois bâtiments anglais plus fortement armés. Les deux autres navires furent capturés à l'issue d'une poursuite et d'un combat nocturne. Le commandant de la Fleur de Lys, Doizy, fut contraint, dans la journée du , de jeter à la côte son bâtiment pour éviter sa capture par un vaisseau anglais de 50 canons. La frégate fut incendiée par son équipage près du port de Paix[6]. La Fleur de Lys fait partie des cinquante-six frégates perdues par la France lors de la guerre de Sept Ans[7].
Michel Vergé-Franceschi (dir.), Dictionnaire d'Histoire maritime, éditions Robert Laffont, coll. « Bouquins »,
Étienne Taillemite (nouvelle édition revue et augmentée), Dictionnaire des marins français, Paris, éditions Tallandier, , 573 p. (ISBN2-84734-008-4).
Martine Acerra et André Zysberg, L'essor des marines de guerre européennes : vers 1680-1790, Paris, SEDES, coll. « Regards sur l'histoire » (no 119), , 298 p. [détail de l’édition] (ISBN2-7181-9515-0, BNF36697883)
Jean-Michel Roche (dir.), Dictionnaire des bâtiments de la flotte de guerre française de Colbert à nos jours, t. 1, de 1671 à 1870, éditions LTP, , 530 p. (lire en ligne)
Onésime Troude, Batailles navales de la France, t. 1, Paris, Challamel aîné, 1867-1868, 453 p. (lire en ligne)
Henri-Raymond Casgrain, Guerre du Canada. 1756-1760, t. 1, Editions L.-J. Demers et frère (Québec), (lire en ligne)