Organisée au Jardin d'agronomie tropicale de Paris, alors territoire communal de Nogent-sur-Marne, elle est inaugurée le , par le ministre des Colonies, Raphaël Milliès-Lacroix. Elle connaît une très forte audience auprès des autorités de la République, de l’Empire, de l’étranger, ce qui lui vaut la visite du Président de la République, Armand Fallières, le . Elle est l'objet d'un vif intérêt public (1,8 million de visiteurs[1]), ce qui conduit à reporter sa clôture du au [2].
Cinq villages sont reconstitués (Indochine, Madagascar, Congo, Soudan, Tunisie, Maroc) selon les grandes possession de l'empire français[1]. Certains bâtiments trouvent en 1907 une seconde vie, comme la maison de la Cochinchine ou l’urne en bronze, copie de celle du palais impérial de Hué qui provenaient toutes deux de l’exposition coloniale de Marseille, tenue en 1906, alors que le pavillon du Congo avait déjà été présenté à l’exposition universelle de 1900 à Paris, puis à Marseille en 1906[1].
Plus d'un siècle après des vestiges de plusieurs pavillons restent encore visibles[5]. Propriété du CIRAD jusqu'en 2003, le site du Jardin d'agronomie tropicale est devenu propriété de la ville de Paris en 2003[6]. La réhabilitation ne se fait que par petites touches : le pavillon de l’Indochine a ainsi été réhabilité en 2011[7] puis le pavillon de la Tunisie en 2019 et 2020[8].
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