Ils ont vécu du tout début du Crétacé inférieur jusqu'à la fin du Crétacé supérieur, soit il y a environ entre ≃145,0 et 66,0 millions d'années. Leurs fossiles ont été découverts sur tous les continents à l'exception de l’Antarctique[2].
Les résultats des études phylogénétiques sur les euptérodactyloïdes et plus généralement sur les ptérosaures sont nombreux et souvent contradictoires. Le cladogramme ci-dessous, établi par Longrich, Martill et Andres en 2018, montre les deux grands groupes des Archaeopterodactyloidea et des Eupterodactyloidea[5]. D'autres études comme celles de Vidovic et Martill en 2017 ne retiennent pas le clade des Eupterodactyloidea[6] :
↑ a et b(en) S. Christopher Bennett, « Taxonomy and systematics of the Late Cretaceous pterosaur Pteranodon (Pterosauria, Pterodactyloidea) », Occasional Papers of the Natural History Museum of the University of Kansas, vol. 169, , p. 1–70 (lire en ligne)
↑(en) Richard J. Butler, Stephen L. Brusatte, Brian B. Andres et Roger B. J. Benson, « How do geological sampling biases affect studies of morphological evolution in deep time? A case study of the Pterosauria (Reptilia: Archosauria) », Evolution, vol. 66, no 1, , p. 147–162 (PMID22220871, DOI10.1111/j.1558-5646.2011.01415.x)
↑(en) Longrich NR, Martill DM, Andres B, « Late Maastrichtian pterosaurs from North Africa and mass extinction of Pterosauria at the Cretaceous-Paleogene boundary », PLoS Biology, vol. 16, no 3, , e2001663 (PMID29534059, PMCID5849296, DOI10.1371/journal.pbio.2001663)
↑(en) S.U. Vidovic et D.M. Martill, « The taxonomy and phylogeny of Diopecephalus kochi (Wagner, 1837) and "Germanodactylus rhamphastinus" (Wagner, 1851) », Geological Society, London, Special Publications, vol. 455, , p. 125–147 (DOI10.1144/SP455.12, lire en ligne)
