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L'année suivante elle déménage à Saint-Mandrier, s'équipant de N.1402 Noroît, puis d'hydravions lourds Short Sunderland. Elle est à nouveau dissoute en janvier 1960 après avoir joué un rôle essentiel dans la formation du personnel de l'aéronautique navale à la lutte anti-sous-marine.
Début 1972, la 12S quitte Lann-Bihoué pour le bleu céruléen de la Polynésie. Basé à Hao, elle est affectée à la surveillance du Centre d'expérimentation du Pacifique (CEP). La 12S s'y distingue, entre autres, en décrochant le record du plus long vol de l'aéronautique navale sur P2V7 (15 heures et 24 minutes).
Après la campagne de tir de 1974, l'escadrille rallie la base de Tahiti-Faa'a. Une Alouette III rejoindra la 12S en 1982, et devient ainsi le premier « hélicoptère de patrouille maritime ». Les Neptune achèveront leur brillante carrière en 1984, et seront remplacés par des Falcon Gardian. L'escadrille 12S, est dissoute le pour voir renaître la flottille 25F.
