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Il dirigeait l'organisation aux côtés de Miguel Ángel Félix Gallardo et de Rafael Caro Quintero. Fonseca Carrillo était impliqué dans le trafic de drogue depuis le début des années 1970, principalement en Équateur, avant de déménager ses opérations au Mexique.
La DEA a inculpé Fonseca en 1982 dans une opération de blanchiment d'argent à San Diego. Avant que la DEA ne reçoive l'autorisation de mettre sur écoute les téléphones de Fonseca, ce dernier s'enfuit. Le , Fonseca est à Puerto Vallarta. Sa villa est encerclée par l'armée mexicaine et Fonseca est contraint de se rendre.
Fonseca a, par la suite, été impliqué dans le meurtre d'Enrique Camarena, agent de la DEA enlevé, torturé et assassiné par le cartel de Guadalajara en 1985. Fonseca n'a pas avoué avoir tué Camarena et s'est déclaré outré que l'agent ait été battu. Fonseca a été reconnu coupable du meurtre par le système judiciaire mexicain, et condamné à 40 ans de prison.
Assignation à résidence
Fonseca a été transféré de prison en résidence surveillée en en raison de son âge avancé et de son état de santé dégradé. Il lui reste environ neuf ans d'emprisonnement pour une peine de 40 ans[1],[2].